Покажите на примере Schema (Mongoose) либо пару документов, чтобы это внесло больше ясности т.к. сейчас задача по описанию, относится, что её надо решать SQL методами
Коллекция Products
[
{
_id: 1,
name: "Apple",
color: "Red",
power: 50
},
{
_id: 2,
name: "Pear",
color: "Green",
power: 70
}
]
Коллекция Trees
[
{
_id: 1,
name: "First tree",
productivity: 70,
products: [
{
_id: 1,
         amount: 4,
         priority: 9,
         collected: false
},
{
_id: 2,
         amount: 6,
         priority: 10,
         collected: true
}
]
},
{
_id: 2,
name: "Second tree",
productivity: 60,
products: [
{
_id: 1,
         amount: 2,
         priority: 2,
         collected: true
},
{
_id: 2,
         amount: 11,
         priority: 1,
         collected: false
}
]
}
]