...ну или так
https://stackoverflow.com/questions/2988779/gcc-how-to-ignore-standard-include-paths
увы, но нет ...
arm-hisiv300-linux/bin/marker -s src/grabcommon/rtp_assemblers.cpp
In file included from src/grabcommon/rtp_assemblers.cpp:1:
...
In file included from /arm-hisiv300-linux/target/usr/include/limits.h:125:
In file included from /arm-hisiv300-linux/bin/../lib/clang/5.0.1/include/limits.h:37:
>>> /usr/include/limits.h:145:5 <<< error: function-like macro '__GLIBC_USE' is not defined
#if __GLIBC_USE (IEC_60559_BFP_EXT)
пойду схожу в слаку, но видимо придётся искать, как переобучить clang::tooling::RefactoringTool или кого-то из его братии