Значит, видеокарта простаивает и никем не используется
Нет. Это особенности костылей от Bumblebee. По умолчанию всегда будет использоваться интеграшка. Для того, чтобы включить костыли, нужно запускать через wrapper, optirun. В обязательном порядке. Wrapper инициализирует дискретный GPU (загружает драйвер), и подсовывает вместо настоящей библиотеки OpenGL балансировщик-костыль VirtualGL. А вот уже VirtualGL будет пробрасывать вызовы GL то на дискретку, то на интеграшку.
Но лучше запускать на дискретке программы через primusrun, который не заморачивается балансировкой, грузит libGL от Nvidia, и выполняет всё на дискретке. Лишь вставляя кадры в окно.