я не прошу в 2 ночи, я готов ждать до тех пор, пока кто то не наведет на умную мысль, или сам не разберусь
Открывай код, расставляй вызовы (в системный лог пиши на всех этапах, заходит в условие или нет и т.п.), смотри что происходит с данными во время обработки, так сначала локализуешь а потом и найдешь в чем проблема.
В ряд ли кто-то сможет подсказать тебе как работает модифицированный компонент и в чем там проблема.
По симптомам похоже что старый товар не хочет перезаписывать я также, как не перезписывет например название.
Я бы поискал кусок когда в котором скрипт решает, какие поля перезаписать, а какие не трогать. Смотрит ли он вообще в твое поле Остаток (раз оно нестандартное, то скорее нет, но это должны были проверить при модификации компонента, возможно там где-то баг)
Если не в состоянии сам дебажить так глубоко, приглашай разработчика, в чате modx work (ссылка в закрепе есть) или на modx.pro