Я так понял, на ios не надо кастомный?
На всё сразу отвечу:
1. На iOS есть способ кастомизации JSC, но рецептов готовых нет (и у меня, сейчас только экспериментирую). Поэтому скорей всего все приложения на RN в мире, кроме одного-двух (для которых в коде RN есть хуки для замены JSC, используют системный JavaScriptCore.framewrok). Это не означает, что всё хорошо. Это означает, что версия JSC на iOS (а значит и набор фич, которые поддерживаются) зависит от версии iOS. К примеру mobx будет работать на iOS>=10, на iOS 9 - не будет.
2. На Android, использует по умолчанию очень старая версия JSC (примерно уровня iOS 9). Да это https://github.com/facebook/android-jsc. Есть ещё https://github.com/react-native-community/jsc-android-buildscripts. И ведутся работы по встраиванию в RN более новой версии, к примеру вот этот коммит из последних: https://github.com/facebook/react-native/commit/f3e5cce4745c0ad9a5c697be772757a03e15edc5
Самое главное. Какой лучше? Если вы не знаете зачем это вам, то вам он не нужен. Если вы знаете, но не работаете с нативным кодом, то тоже пока лучше не экспериментировать. Если всё таки хотите, то стоит ещё сюда заглянуть: https://github.com/gengjiawen/ReactNativeNewJsc