Если сайт на поддоменах в Я точно его заводить надо отдельно
мультисайтинг - это когда отдельные разделы сайта рассматриваются в поддомене.
например, новостной сайт и форум. сайт на основном домене, а форум эмулируется как в поддомене. физически это один сайт.
мне кажется, что тут просится создание отдельной xml для каждого раздела мультисайтинга и чтобы эта xml была доступна также из поддомена.
https://domain.ru/sitemap.xml
https://forum.domain.ru/sitemap.xml
https://shop.domain.ru/sitemap.xml
и .т.д.