честно говоря, я не совсем поняла что происходит. Вы сами верстаете шаблон?
Да. И вопрос решён, спасибо вашей небольшой подсказке, что навела на мысль.
По умолчанию модули еще тянут много чего лишнего, что нужно явно отключать. Например:
HTMLHelper::_('bootstrap.collapse');
$wa = $app->getDocument()->getWebAssetManager();
$wa->registerAndUseScript('mod_menu', 'mod_menu/menu.min.js', [], ['type' => 'module']);
$wa->registerAndUseScript('mod_menu', 'mod_menu/menu-es5.min.js', [], ['nomodule' => true, 'defer' => true]);
Ну и соответственно это все начинает конфликтовать меж собой. Отключил, и сделал простой чистый bootstrap, и все заработало так как должно. По крайней мере пока на первый взгляд.
И кстати в https://docs.joomla.org/J4.x:Cassiopeia_Template_Simplified_-_A_Case_Study содержится немного ошибок, может ругаться при установке шаблона. По край мере у меня заняло чутка времени, что бы запустить.