Чтобы не быть голословным, приведите, пожалуйста, примеры.
Ну, например, буквально вчера наблюдал картину, когда некоторые вновь добавленные ipsec policy без видимых причин выпадали в Invalid. Более того, sa-dst-address не пинговался, даже трассировка не доходила и до одного хопа. В файрволе ничего этакого запрещающего я не нашел, однако по всем симптомам как будто в iptables присутствовало запрещающее правило. Вылечилось обновлением прошивки до 6.45.8 (до этого была 6.44.6). Возможно, помогла бы и простая перезагрузка...