Работа с массивами – это не засунуть из одного в другой, а удалить элемент в зависимости от условий. Я не сказал, что преобразовать в массив – это ненужный шаг.
$vowels = ['a', 'А', 'о', 'О', 'э', 'Э', 'е', 'Е', 'и', 'И', 'ы', 'Ы', 'у', 'У', 'ё', 'Ё', 'ю', 'Ю', 'я', 'Я'];
$inter = str_replace($vowels, "",str_split($file));
$Hehe = file_put_contents();