Наново) (сорян)
А так вот, по поводу grub-install . --root-directory нужно явно указывать, когда у тебя корень совсем не тот, в котором у тебя сейчас рабочая система. Пробел - это ошибка, grub-install просто проигнорировал твой /mnt и решил, что ты в корень пишешь, то есть в / . Поэтому у тебя на рабочей системе это сработало! :)) Но ты попробуй сделать то же самое с флешки и получишь совсем другой результат. :)