Попробуй etcd посадить на более быстрые диски. И мне кажется все норм будет.
W0207 09:57:58.509284 1 genericapiserver.go:319] Skipping API batch/v2alpha1 because it has no resources.
W0207 09:58:10.071874 1 genericapiserver.go:319] Skipping API rbac.authorization.k8s.io/v1alpha1 because it has no resources.
W0207 09:58:10.277336 1 genericapiserver.go:319] Skipping API scheduling.k8s.io/v1alpha1 because it has no resources.
W0207 09:58:10.636646 1 genericapiserver.go:319] Skipping API storage.k8s.io/v1alpha1 because it has no resources.
на каждые сервисы в общем кубера ругается апи сервер