Типа один и тот же звонок на один и тот же диалпир несколько раз прошёл с тем же временем и длительностью

изучайте дампы, а общие соображения такие - если циска перепосылает пакеты с аккаунтингом - значит не получает от радиуса подтверждения. а если радиус пере-посылки воспринимает как новые записи - могут быть нарушены условия (например rfc5080#section-2.10), это без учёта возможных ньюансов с самим фрирадиусом. в своих условиях таких ситуаций не припомню.

а не происходит ли снятия с двух точек в циске